นาคทัณฑ์วิหารน้ำแต้ม มีลักษณะโครงสร้างองค์ประกอบแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ ส่วนบนและส่วนล่าง ส่วนบนเป็นองค์ประกอบหลัก ประกอบด้วยลวดลายหลัก คือลายพญาลวงในลักษณะหันเศียรออกทางด้านนอก วางเท้าทั้งสองบนฐานส่วนล่าง ลำตัวทอดตวัดขึ้นทางด้านบน และตวัดปลายหางกลับเข้ามาด้านในปลายหางมีลักษณะลวดลายเป็นช่อกระหนก ลายพญาลวงนี้ จะประกอบกับลาย 2 ประเภท คือ
ลายประเภทพันธ์พฤกษาช่อดอกไม้ใบไม้ ภาพสัตว์ปีก และลายคลื่น และลายประดิษฐ์เป็นลายรูปแปดเหลี่ยม ในลักษณะแผงกุดั่น จะมีลักษณะเป็นลายโปร่ง และลายพญาลวงเกี้ยว โดยพญาลวง 3 ตัวหันเศียรออกทางด้านนอก ลำตัวและหางเกี้ยวไขว้กันไปมา ลักษณะนาคทัณฑ์ลักษณะนี้เริ่มมีในช่วง พุทธศตวรรษที่ 23 แต่ส่วนมากจะเป็นลายนาคเกี้ยว ส่วนล่างเป็นลักษณะลายเชิง และเป็นฐานรองรับส่วนบน ประกอบด้วยลายหน้ากระดาน 1 แถว ส่วนใหญ่จะเป็นลายกลีบบัวหงาย ตรงเชิงเป็นลักษณะรูปสามเหลี่ยมกรอบหยักคดโค้ง ภายในเป็นลายช่อกระหนก(พรรณนิภา ปิณฑวณิช,2546)
