วิหารต้นแก้วอยู่บริเวณทางด้านทิศเหนือของวิหารหลวง และด้านหน้าทางทิศตะวันออกของวิหารน้ำแต้ม เป็นวิหารโถงปิดทึบบริเวณห้องสุดท้าย 3 ด้าน ฐานเตี้ย มีการลดชั้นของหลังคา ด้านหน้า 2 ชั้น ด้านหลัง 1 ชั้น ชั้นละ 2 ตับ รูปทรงอาคารใกล้เคียงกับวิหารน้ำแต้ม หลังจากการบูรณะ การประดับของหลังคาเป็นแบบอุโบสถภาคกลาง(พรรณนิภา ปิณฑวณิช, 2546 )