จิตรกรรมฝาผนังภายในวิหารน้ำแต้ม เขียนขึ้นบนแผงไม้คอสองของอาคาร เรื่องราวที่เขียนมีดังนี้ คือ เรื่องประวัติพระอินทร์เป็นนิทานธรรมบท เรื่องที่ 7 หมวดอัปมาทวรรค พบแห่งเดียวในล้านนา และเรื่องพระนางสามาวดีเป็นนิทานธรรมบทเรื่องที่ 1 หมวดอัปมาทวรรค ทั้งสองเรื่องเป็นนิทานอธิบายพระสูตร ในพระไตรปิฎก ของพระพุทธโฆษาจารย์ที่แปลมาจากลังกา มาเป็นภาษาบาลี เมื่อประมาณปลายพุทธศตวรรษที่ 10 สาระของเรื่องกล่าวถึงผลของการครองตนด้วยความประมาท เน้นเรื่องกรรมดีกรรมชั่ว ซึ่งเรื่องราวนี้สันนิษฐานว่า จะแพร่หลายเข้ามาในไทยพร้อมกับการแพร่ พุทธศาสนาลังกาวงศ์ พุทธศตวรรษที่ 19-20 ส่วนจิตรกรรมฝาผนังอีกด้านหนึ่งซึ่งเขียนบนคอสองของอาคาร เป็นเรื่องพระนางสามาวดีและท้าวสักกะ ซึ่งจากการศึกษาพบว่าจากรูปแบบศิลปะ ลักษณะตัวอักษรธรรมล้านนา ที่อธิบายประกอบภาพ จากเอกสารตำนานต่างๆ รวมทั้งจากสภาพสังคม และการเมืองในช่วงเวลาดังกล่าว ได้รับอิทธิพลจากศิลปะพม่า ที่เมืองพุกาม ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 22-23 อย่างแน่นอน ฉะนั้นภาพเขียนสี นี้จึงควรมีอายุอยู่ในช่วงประมาณปลายพุทธศตวรรษที่ 23 ถึงต้นพุทธศตวรรษที่ 24 (ภาสกร โทณะวณิก,2529) ภาพเขียนสีในวิหารน้ำแต้ม ปรากฏอยู่ทั่วไป ตามบริเวณคอสองฝาลูกฟัก และบริเวณฝาอุดปีกนกด้านใน ก่อนที่ศิลปินจะลงมือเขียนภาพได้ใช้แป้งหิน ผสมน้ำกาวฉาบเป็นพื้น เพื่อให้ผิวหน้าไม้เรียบเป็นแผ่นเดียวกัน และช่วยให้สะดวกต่อการเขียนภาพ ทำให้ภาพสวยงาม และคงทนกว่าที่จะเขียนภาพลงบนพื้นไม้เลย สีที่นิยมใช้เป็นสีขาว ดำ แดง น้ำตาล ชมพู และสีเขียว การเขียนภาพก็ทำอย่างง่ายๆ ไม่คำนึงถึงลายละเอียดมากนัก ใช้ลายเส้นวาดรูปแล้วระบายสี ลักษณะของภาพเป็นแบบการ์ตูน ไม่แสดงกล้ามเนื้ออย่างภาพเหมือนจริง(สมพงษ์ คันธสายบัว,2524 )
จิตรกรรมบนฝาผนังหรือแผงคอสอง เป็นเรื่องประวัติของนางสามาวดี ที่เป็นลูกกำพร้า เพราะบืดาและมารดาเศรษฐี เสียชีวิตจากการเดินทางอันลำบาก เพื่อขอความช่วยเหลือจากเพื่อน แล้วนางสามาวดีก็ได้เป็นบุตรบุญธรรม ของโฆสกะเศรษฐีผู้เป็นสหายของบิดา อาศัยอยู่ในเมืองโกสัมพี ด้วยความงามของนางก็ทำให้พระเจ้าอุเทนรับไปเป็นมเหสีอยู่ในวัง(ฐาปนีย์ เครือระยา,2545)
จิตรกรรมบนฝาผนังหรือแผงคอสอง จากภาพเป็นเรื่องประวัติพระอินทร์ ในขณะที่ยังบำเพ็ญกุศลเป็นมนุษย์อยู่บนโลก ด้วยการร่วมมือสร้างศาลากับสหายอีก 32 คน ให้ผู้ยากจนและผู้เดินทางได้อาศัย หลังจากพ้นโทษ ที่นายบ้านกล่าวหาว่าเป็นขโมย จนถูกกษัตริย์ตัดสินให้ใสช้างเข้าเหยียบ แต่ช้างกลับหนีไปเพราะกลัวเมตตาบารมีของมฆมาณพ จนกษัตริย์สั่งให้พ้นโทษและยกช้างตัวนั้นให้ทั้ง 33 คน การทำบุญในครั้งนี้ มีภรรยาทั้ง 3 ช่วยกันสร้างสระบัว ปลูกต้นไม้ดอกไม้และสร้างช่อฟ้า แต่ภรรยาคนสุดท้ายกลับไม่ทำอะไรเลย เพราะคิดว่าบุญกุศลที่สามีทำไปนางก็ได้เหมือนกัน(ฐาปนีย์ เครือระยา,2545)